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精选环状RNA测序

品   牌:
sirna
货   号:
43513
市场价:
¥ 0.00

广州市锐博生物科技有限公司

地   址: 中国广州· 广州科学城科学大道182号· 创新大厦C3栋13-14层

联系人: sirna

邮   箱: marketing@ribobio.com

电   话: 4006860075

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  • 品牌: sirna   公司: 广州市锐博生物科技有限公司
    • 提供商: Ribobio
            环状RNA(circular RNA,circRNA)是最近发现的一类特殊的非编码RNA,它大量存在于真核细胞胞质内,主要由pre-mRNA通过可变剪切加工产生。近年研究发现,circRNA具有很多重要的调控功能,例如,circRNA可以作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)结合胞内miRNA,阻断miRNA对其靶基因的抑制作用。除此以外,circRNA也具有调控其他类型RNA、调节蛋白质活性等功能。circRNA在不同物种中具有保守性,而且存在组织表达差异,且circRNA的环状结构对RNase不敏感,导致它比线性RNA更为稳定,这些特性使得circRNA具有开发疾病新型诊断与治疗方法的巨大潜力,研究意义重大。

      circRNA生成及作用机制
            利用目前最先进新一代测序平台,锐博生物于2015年隆重推出circRNA高通量测序服务。我们将为研究者提供包括circRNA鉴定、表达量计算、注释分析、分布统计以及circRNA保守性分析、互作miRNA分析在内的多种生物信息学分析内容,为研究者深度挖掘circRNA功能与机制信息。
      服务优势:
      多物种选择:可直接对人、大鼠和小鼠样本进行最全面的circRNA分析,亦可发现新的circRNA(其他物种需特殊评估)。
      高精确度:数字化信号,可预测到基因家族中相似基因以及不同可变剪切类型产生的circRNA序列信息。
      高覆盖度:新一代高通量测序技术的高深度覆盖,可以检测到低丰度的稀有circRNA。
      服务流程:
      测序方案
      1) 测序平台:Illumina HiSeq 3000/2500
      2) 测序模式:PE150/PE100
      3) 测序数据量:每个样本5G clean data
      4) 送样要求:细胞样本(不少于5×107个细胞)
                            组织样本(质量为600mg~1g左右)
                            RNA样本(不少于20μg)
      分析内容:
      基础分析:
      1. 数据质控
      2. 基因比对与统计
      3. 环状RNA鉴定
      4. 环状RNA分布统计
      5. 环状RNA注释
      6. 环状RNA表达量计算
      7. 样品(组)间表达差异分析
      8. 差异基因GO分析
      9. 差异基因KEGG分析
      10. 生物学重复样品间相关性分析
      11. 环状RNA序列预测
      高级分析:
      1. 环状RNA保守性分析
      2. 环状RNA与miRNA互作分析
      分析内容具体详情请咨询当地销售工程师

      案例解读
      利用高通量测序鉴定H9细胞系circRNA
      本项研究利用Illumina HiSeq 2000测序平台对H9细胞系进行去rRNA去线性RNA测序,共鉴定出103个来源于内含子的环状RNA(circular intronic RNA,ciRNA),ciRNA的成环过程依赖于两个共有基序。另外,研究者还发现,一个名为ci-ankrd52的ciRNA会作为RNA Pol II的正向调节因子,引导RNA Pol II在其基因转录起始位点处富集,促进转录延伸。本项研究也发现了ciRNA所具有的顺式调控元件功能。

      本项研究circRNA富集过程

      使用RNase R对H9细胞中ciRNA进行富集后散点分析图。横轴表示RNase R富集样本中单个ciRNA表达量变化,纵轴表示非polyA/非核糖体RNA(p(A)/ribo-)中ciRNA表达量,对比看出RNase R处理导致多种线性lncRNA表达下调(蓝色标记),而红色标记的ciRNA表达上调
      相关文献:Zhang Y, Zhang X O, Chen T, et al. Circular intronic long noncoding RNAs[J]. Molecular cell, 2013, 51(6): 792-806.

      资料下载:

      环状RNA测序 2015-03-27 5000份.pdf 附件下载 (下载 53 次)

  • 环状RNA测序

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